Α)  Πρόγραμμα Ημερήσιας  Απασχόλησης και Προεπαγγελματικής Κατάρτισης.  Λειτουργεί  υπό την επίβλεψη ενός ειδικού Λειτουργού. 
Το Ημερήσιο  Πρόγραμμα  προσφέρει  στα  παιδιά  διάφορες δραστηριότητες  όπως αυτομέριμνα (ατομική υγιεινή ,πρόγευμα), Θεατρικό  Εργαστήρι,  μουσικοθεραπεία,  Τέχνη,  Χειροτεχνία,  Επισκέψεις,  Ανακύκλωση ,γυμναστική, χοροθεραπεία, μουσική, γλωσσολογικά και κολύμπι κατά την θερινή περίοδο.
Β) Πρόγραμμα Επαγγελματικής  Αποκατάστασης  με  Στήριξη  ΑΜΕΑ.
Η Επαγγελματική Αποκατάσταση με Στήριξη είναι ο θεσμός μέσα από τον οποίο δίνεται η ευκαιρία σε άτομα με ειδικές ανάγκες (ΑΜΕΑ) να τοποθετηθούν και να παραμείνουν σε απασχόληση στην ανοικτή αγορά εργασίας. Στο Σκαπανέα λειτουργούν 3 προγράμματα Επαγγελματικής Αποκατάστασης με Στήριξη με 3 καθοδηγήτριες εργασίας.
Γ)  Πρόγραμμα  Ψυχαγωγίας-Κοινωνικοποίησης.
Μέσα στα πλαίσια ευρύτερης ένταξης των ΑΜΕΑ στο κοινωνικό σύνολο ο Σκαπανέας προσφέρει προγράμματα ψυχαγωγίας-κοινωνικοποίησης όπως:
-Εκδρομές στο εξωτερικό και ευκαιρίες αδελφοποιήσεων με παρόμοια προγράμματα.
-Μονοήμερες και διήμερες εκδρομές.
-Συμμετοχή σε συναυλίες, θεατρικές και κινηματογραφικές παραστάσεις, αθλητικούς αγώνες κ.α
-Κοινωνικές επισκέψεις.